Тя влиза в състава на американския флот по време на Втората световна война, и се смята за един от най-мистериозните случаи в американската военноморска история.
По време на първия си боен патрул, през ноември 1943 г., Capelin потопява японски товарен кораб. След като получава леки повреди, подводницата се насочва към австралийския Дарвин за ремонт.
След като повредите са отстранени, на 17 ноември 1943 г. Capelin, със 76 подводничари на борда, тръгва на втория си боен патрул в Молукските и Целебеските морета в западната част на Тихия океан.
На 2 декември 1943 г. тази подводница е видяна от друга подводница, USS Bonefish. Capelin внезапно се скрива под водата и изчезва от радарите. Оттогава никой не е чул нищо за нея.
Някои смятат, че изчезването може да е свързано с минните полета, на които Capelin се натъква край северния бряг на Целебеско море.
Bonefish обаче не регистрира никакви експлозии в района и последвалите търсения не открива нищо. И до днес никой не знае какво се е случило с подводницата и къде е отишла.
